Uma das grandes vantagens da aquaponia ao ar livre é a diversidade de culturas possíveis. Num kit, privilegiam-se habitualmente plantas de cultivo fácil e ciclo rápido, como alfaces, ervas aromáticas ou tomates-cereja. Mas também é possível cultivar morangos, que se adaptam particularmente bem a este tipo de sistema.
Numa estufa aquapónica, as possibilidades alargam-se: podem cultivar-se legumes mais exigentes, como beringelas, melões, pepinos ou tomates de tamanho maior.
Quanto aos peixes, a escolha depende do clima e do volume disponível. Carpas, trutas, percas, sandres ou mesmo silures podem ser criados em aquaponia, oferecendo uma vasta gama de opções.
Um princípio simples orienta estas escolhas: parta do que a sua água permite realmente. Num kit sem aquecimento, a temperatura acompanha de perto a do ar, o que aponta naturalmente para espécies rústicas — peixinhos vermelhos, carpas koi, rutílos ou tencas — e para culturas de estação fria na primavera e no outono. Em estufa, a gama de temperaturas alarga-se e, com ela, a lista de candidatos possíveis.
Tenha também em conta o enquadramento regulamentar. As espécies comuns nas águas francesas podem ser mantidas sem qualquer formalidade num tanque privado, ao passo que uma espécie exótica como a tilápia só é viável em instalação fechada, sem qualquer descarga para o meio natural.
A observação sobre as espécies comuns aplica-se a França. Noutros países, a lista de peixes que podem ser detidos sem formalidades num tanque privado é diferente, e o regulamento europeu 1143/2014 proíbe ainda a detenção de certas espécies em toda a União. Informe-se junto do serviço responsável pela pesca no seu país antes de encomendar peixes: o procedimento é gratuito e evita uma compra que terá de ser refeita.