Uma estufa de aquaponia reúne o tanque, a filtragem e os suportes de cultivo sob um abrigo envidraçado que prolonga a época. O formato escolhe-se pelo espaço disponível no chão. A estufa Myfood City ocupa 3,56 m² numa varanda ou num terraço, com um tanque de 300 L e até 17 torres verticais, para 700 kg com carga. A Myfood Family existe em 11, 22 ou 44 m²; na de 22 m², dois tanques de 600 L alimentam 16 torres fornecidas, até 24. A estufa Hélio de 10 m², em lariço e policarbonato reciclado, recebe jangadas, argila expandida ou calhas consoante as culturas.
Para instalar um sistema por conta própria, as estufas de jardim Euro-serre, em alumínio e vidro temperado de 4 mm, vendem-se sem equipamento: de 7,29 a 18,66 m² na Euro-Maxi, abrigam um sistema de aquaponia para montar. Antes de encomendar, verifique a altura sob a caleira, a capacidade de carga do solo e o acesso à água e à eletricidade. O artigo Estufas e kits de aquaponia de exterior compara estas abordagens.
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