O ferro é um micronutriente essencial ao funcionamento das plantas. Intervém diretamente na fotossíntese, na produção de clorofila e em várias reações enzimáticas indispensáveis ao crescimento. Sem ferro assimilável, a planta é incapaz de transformar eficazmente a luz em energia, mesmo que todos os outros nutrientes estejam presentes.
Em aquaponia, este papel é ainda mais crítico, pois o crescimento vegetal assenta num equilíbrio preciso entre os nutrientes provenientes dos peixes e a capacidade das plantas para os absorver. Uma carência de ferro atua como um fecho biológico: o sistema pode produzir nitratos em quantidade suficiente, mas a planta permanece bloqueada.
O ferro é igualmente um nutriente não móvel na planta. Isto significa que, uma vez que uma folha o tenha em falta, a planta não pode redistribuir o ferro a partir das folhas mais velhas. É por esta razão que os sintomas surgem prioritariamente nos rebentos jovens.