À cabeça da lista, encontramos os legumes de raiz e de bolbo (cenouras, batatas, cebolas, beterrabas, etc.). Num leito de cultura constantemente irrigado, as raízes e tubérculos correm o risco de se deformar, apodrecer ou ficar raquíticos.
Outras plantas de crescimento lento ou de sistema radicular demasiado volumoso devem igualmente ser evitadas. Por exemplo, as árvores de fruto ou os arbustos não são viáveis em aquaponia doméstica devido ao seu tamanho e à sua longevidade.
Do mesmo modo, as plantas que gostam de solos áridos ou muito ácidos (algumas plantas de urze, cactos, etc.) não prosperarão num ambiente continuamente húmido.