No verão, a subida da temperatura da água pode tornar-se problemática em aquaponia: para lá de um certo limiar, próprio de cada espécie, os peixes sofrem e podem mesmo morrer se o calor persistir. Além disso, quanto mais quente está a água, menos oxigénio dissolvido contém, o que agrava ainda mais a situação. Resultado: os peixes ofegam à superfície, alimentam-se menos e o seu metabolismo fica perturbado.
Logo na conceção do seu sistema aquapónico, pense em escolher espécies adaptadas ao clima local e às variações de temperatura. Caso contrário, preveja um sistema de aquecimento ou de arrefecimento da água.
No verão, coloque, se possível, o seu tanque de peixes à sombra (graças a uma lona ou a uma sombra) a fim de limitar a radiação direta do sol. Se, apesar destas precauções, a temperatura ultrapassar os limites aceitáveis, seria preferível transferir os seus peixes para um local mais fresco.