A vigilância da qualidade da água é fundamental em aquaponia. Para a carpa koi, os limiares de segurança são:
- Amoníaco (NH₃): 0 mg/L. Qualquer pico é um alerta devido a excesso de alimentação ou a um ciclo bacteriano instável.
- Nitritos (NO₂⁻): 0 mg/L. Tóxicos mesmo em doses baixas, a sua presença indica um biofiltro subdimensionado.
- Nitratos (NO₃⁻): Devem manter-se baixos. Um valor elevado revela um desequilíbrio em relação à capacidade de absorção das plantas.
- pH: 6,4 a 7,5. A koi não tolera variações bruscas. Atenção à chuva, que acidifica a água dos tanques.
- Oxigénio dissolvido: pelo menos 5 mg/L. Uma bomba e uma arejamento (difusor) contínuos são indispensáveis.
- Temperatura: 18 a 24 °C para um crescimento ótimo. A koi sobrevive de 0 a 35 °C se as mudanças forem progressivas, mas fora da faixa ótima a sua imunidade, o seu apetite e a nitrificação bacteriana diminuem.