A aquaponia permite cultivar um vasto leque de frutos, legumes, ervas e plantas aromáticas, mas não se deve pensar que está universalmente adaptada a todas as espécies vegetais. Algumas plantas revelam-se particularmente mal adaptadas a este tipo de ambiente devido à sua necessidade de substrato específico, à sua sensibilidade à humidade, ou ainda ao seu crescimento inadequado aos sistemas aquapónicos.
Os legumes de raiz e de bolbo
À cabeça da lista, encontram-se os legumes de raiz e de bolbo como as cenouras, batatas, cebolas, nabos, rabanetes, ou ainda beterrabas. Num leito de cultivo constantemente irrigado, as raízes e tubérculos correm o risco de se deformar, de apodrecer ou de ficar raiíticos. Com efeito, a humidade constante não é favorável ao seu desenvolvimento, pois impede o arejamento natural do solo.
As árvores de fruto
Outras plantas de crescimento lento, ou de sistema radicular invasor, são igualmente de evitar. As árvores de fruto, arbustos ou plantas de grande porte não são viáveis num sistema doméstico em aquaponia, pois o seu enraizamento exige um solo profundo e estável, frequentemente incompatível com os substratos leves utilizados como as bolas de argila expandida. A sua longevidade e o seu tamanho tornam-nas dificilmente geriáveis em tanque ou torre aquapónica.
As plantas com necessidades específicas de solo
Algumas espécies precisam de condições que a aquaponia não lhes pode oferecer. É o caso das plantas que preferem solos secos ou ácidos, como certas plantas de urze (ex.: mirtilos, rododendros, azáleas), ou ainda os cactos, que não se desenvolverão num ambiente continuamente húmido.