A vigilância da qualidade da água é capital em aquaponia. Para a carpa koi, os limiares de segurança são:
- Amónia (NH₃): 0 mg/L. Qualquer pico é um alerta devido a uma sobrealimentação ou a um ciclo bacteriano instável.
- Nitritos (NO₂⁻): 0 mg/L. Tóxicos mesmo em baixa dose, a sua presença indica um biofiltro subdimensionado.
- Nitratos (NO₃⁻): Devem manter-se baixos. Um nível elevado revela um desequilíbrio com a capacidade de absorção das plantas.
- pH: 6,5 a 7,5. A koi receia as variações bruscas. Atenção à chuva, que acidifica a água dos lagos.
- Oxigénio dissolvido: mín. 6 mg/L. Uma bomba e uma aeração (difusor) contínuas são indispensáveis.
- Temperatura: 15 a 25°C. Fora deste intervalo, o metabolismo e a nitrificação bacteriana são perturbados.