Rozpoczęcie akwaponiki zewnętrznej wiąże się z wyzwaniami, które należy przewidzieć, aby zagwarantować sukces systemu. Zmiany temperatury stanowią jedną z głównych trudności : mały zestaw będzie bardziej wrażliwy na gwałtowne zmiany, podczas gdy szklarnia lepiej chroni uprawy, tworząc bardziej stabilny mikroklimat. Równowaga wody wymaga również regularnego monitorowania, w szczególności pH, natleniania i stężenia składników odżywczych.
Na zewnątrz szkodniki mogą również stanowić problem : ptaki, owady, gryzonie, a nawet koty i czaple przyciągane rybami. Proste zabezpieczenia, jak siatki, tunele foliowe lub wzmocnione osłony, pozwalają ograniczyć te ryzyka. Wreszcie, należy pamiętać, że akwaponika opiera się na delikatnym ekosystemie, który potrzebuje czasu, aby się ustabilizować. Cierpliwość, regularność i uważna obserwacja są zatem niezbędne, aby przekształcić doświadczenie w trwały sukces.