To nie sadzenie roślin obciąża biofiltr, lecz karmienie ryb. Fala pikowania zwiększa zapotrzebowanie na składniki odżywcze, a co za tym idzie – pokusę podawania większych porcji, i właśnie to zwiększenie należy rozłożyć w czasie. Zasada jest następująca: zwiększać porcję małymi krokami i zostawiać pełny tydzień obserwacji między kolejnymi krokami, zamiast kierować się harmonogramem siewu.
Kontrola opiera się na trzech wskaźnikach, nie jednym. Amoniak i azotyny muszą pozostawać niewykrywalne – śladowa ilość azotynów oznacza, że populacja bakterii nie radzi sobie jeszcze z nowym obciążeniem. Tlen rozpuszczony musi utrzymywać się powyżej 5 mg/l – taki próg podają materiały informacyjne dotyczące akwaponiki małej skali. pH powinno mieścić się w oknie, w którym bakterie nitryfikacyjne i rośliny współistnieją najlepiej, czyli w okolicach 6,8–7,2, przy czym zakres 6,5–7,5 pozostaje akceptowalny.
Jeśli pojawią się azotyny, właściwą reakcją nigdy nie jest dosadzanie roślin ani czyszczenie biofiltru. Należy zmniejszyć porcję – niekiedy aż do całkowitego wstrzymania karmienia na jeden lub dwa dni – zwiększyć napowietrzanie i czekać, aż pomiar wróci do zera, zanim wznowi się stopniowe zwiększanie dawki.