To jeden z tematów, który najbardziej zaskakuje początkujących w akwaponice. Dobrze zaludniony zbiornik może na pierwszy rzut oka wydawać się imponujący, niemal zbyt zapełniony. A jednak chęć nadmiernego zmniejszenia gęstości jest błędem tak samo problematycznym, jak chęć jej przekroczenia.
W domowej akwaponice, zalecany przedział mieści się między 20 a 30 kg ryb na metr sześcienny wody. To zakres, w którym system działa zrównoważenie, bez przeciążenia filtracji biologicznej i bez przepełnienia dla ryb. W przypadku większych instalacji, można osiągnąć gęstość od 35 do 50 kg na metr sześcienny przy dobrze zwymiarowanym systemie i wzmocnionym napowietrzaniu. Powyżej tego jest to technicznie możliwe w pewnych przypadkach, ale wymaga zaawansowanej wiedzy i bardzo regularnego monitoringu.
Czego wiele osób nie wie, to że zbyt słabo zaludniony zbiornik tworzy własne problemy. Większość gatunków używanych w akwaponice to zwierzęta społeczne, przyzwyczajone do życia w grupach, czasem w ławicach. Poniżej pewnego progu gęstości, ustalają się zachowania terytorialne. Osobniki dominujące zaznaczają swój obszar, ścigają słabszych, powodują rany. A rana w zbiorniku to wrota dla zakażeń bakteryjnych i chorób grzybiczych. Liczniejsza grupa naturalnie rozcieńcza te zjawiska dominacji : agresywność się rozprasza, żaden osobnik nie może skoncentrować swojej terytorialności na jednym innym, a hierarchia społeczna ustala się w sposób bardziej rozproszony i mniej brutalny.
Dobrą wiadomością jest to, że ryby same sygnalizują, kiedy gęstość staje się zbyt duża. Sygnały są na początku dyskretne : lekkie, niezwykłe poruszenie, ryby częściej wypływające na powierzchnię, mniej wyraźne pobieranie pokarmu, lekko uszkodzone płetwy. To słabe sygnały, ale pojawiają się na długo przed tym, zanim sytuacja stanie się krytyczna. W akwaponice celem nie jest produkcja za wszelką cenę. Aby system działał, trzeba produkować w dobrych warunkach.