Una de las grandes bazas de la acuaponía de exterior es la diversidad de los cultivos posibles. En un kit, se privilegian a menudo plantas fáciles de cultivar y de ciclo rápido como las lechugas, las hierbas aromáticas o los tomates cherry. Pero también es posible cultivar fresas, que se adaptan especialmente bien a este tipo de sistema.
En un invernadero acuapónico, las posibilidades se amplían : se pueden cultivar verduras más exigentes como las berenjenas, los melones, los pepinos o incluso tomates de gran tamaño.
En cuanto a los peces, la elección depende del clima y del volumen disponible. Las carpas, truchas, percas, luciopercas o incluso siluros pueden criarse en acuaponía, ofreciendo una amplia gama de opciones.