Akvaponický skleník spojuje nádrž, filtraci a pěstební systémy pod proskleným krytem, který prodlužuje sezónu. Formát se volí podle plochy. Skleník Myfood City zabere 3,56 m² na balkoně nebo terase, má nádrž o objemu 300 L a až 17 vertikálních věží, při zatížení 700 kg. Myfood Family se vyrábí ve velikosti 11, 22 nebo 44 m²; u verze 22 m² napájejí dvě nádrže po 600 L dodávaných 16 věží, rozšiřitelných až na 24. Skleník Hélio o ploše 10 m² z modřínu a recyklovaného polykarbonátu pojme podle plodin plovoucí desky, keramzit nebo žlaby.
Pokud chcete systém instalovat sami, prodávají se zahradní skleníky Euro-serre z hliníku a tvrzeného skla o tloušťce 4 mm bez vybavení: model Euro-Maxi o ploše 7,29 až 18,66 m² pojme akvaponický systém, který si postavíte sami. Před objednáním ověřte výšku pod okapem, únosnost podloží a přístup k vodě a elektřině. Tyto přístupy porovnává článek Venkovní akvaponické skleníky a sady.