Ano, za předpokladu, že porovnáváme srovnatelné. Systémy s recirkulací vody, na nichž je akvaponika postavena, fungují s denní obměnou jen několika procent celkového objemu, zatímco chov v otevřeném jezírku vyžaduje masivní obměnu. Francouzské pilotní projekty uvádějí úsporu řádu 90 % vody oproti konvenčnímu hospodaření.
V měřítku domácí zahrádky vychází srovnání také v neprospěch pěstování v plné zemi. Voda se nedrenuje do hloubky ani neodtéká při dešti – obíhá v uzavřené smyčce a systém opouští pouze výparem, transpirací rostlin a malým množstvím odváděným s kalem odebraným z filtru.
V praxi je pravidelné doplňování stále nutné, zejména v létě a ve skleníku, kde výpar roste. Upřednostněte zachycování dešťové vody před vodou z kohoutku, jejíž chlor musí být v každém případě neutralizován nebo nechán odplynět, než ji přidáte do jezírka.