Třásněnky, smutnice a další návštěvníci skleníku
Kromě trojice mšice, molice a svilušky se ve vodních kulturách pravidelně vyskytuje několik dalších škůdců, které stojí za to umět rozpoznat. Třásněnka je protáhlý hmyz o délce jednoho až dvou milimetrů, který obrušuje pletiva a zanechává stříbrné plošky posety černými tečkami – svými výkaly. Ukrývá se v květech a mladých výhoncích, což ji činí těžko dostupnou. Mezi nejpoužívanější biologické prostředky proti ní patří dravý roztoč Amblyseius swirskii a ploštice rodu Orius, přičemž druhý jmenovaný je nejúčinnější při dlouhých dnech.
Smutnice, neboli hřibařky, jsou drobné černé mušky poletující těsně nad pěstebními záhony. Dospělci jsou neškodní, jejich larvy však žijí ve vlhkém substrátu a okusují jemné kořínky mladých rostlin, čímž otevírají cestu hnilobám. Přemnoží se všude tam, kde povrch substrátu zůstává trvale nasycen vodou – situace, která je v nesprávně nastavené akvaponice celkem běžná.
Nakonec jsou tu minující mušky, jejichž larvy vykusují světlé klikaté chodbičky v tloušťce listů, a slimáci, kteří využívají trvalé vlhkosti kolem nádrží. Proti nim je nejjednodušší a pro systémovou vodu zcela bezpečnou odpovědí fyzická bariéra a pravidelné odchytávání.