Ochrana plodin bez chemie stojí především na bariérách: sítě proti hmyzu na citlivé plodiny, pasti na slimáky, textilie a stínicí sítě ve skleníku. V akvaponii se do vody s rybami nesmí dostat žádný pesticid, a proto jsou tato řešení nezbytná.
Článek Užiteční pomocníci proti škůdcům představuje také užitečný hmyz.