V létě se může nárůst teploty vody stát problémem v akvaponii : nad určitým prahem, vlastním každému druhu, ryby trpí a mohou dokonce uhynout, pokud vedro přetrvává. Navíc čím teplější voda, tím méně obsahuje rozpuštěného kyslíku, což situaci ještě zhoršuje. Výsledek : ryby lapají po vzduchu u hladiny, méně se krmí a jejich metabolismus je narušen.
Již při návrhu svého akvaponického systému myslíte na výběr druhů přizpůsobených místnímu podnebí a teplotním výkyvům. V opačném případě počítejte se systémem ohřevu nebo chlazení vody.
V létě umístěte pokud možno svou nádrž na ryby do stínu (pomocí plachty nebo stínící clony), abyste omezili přímé sluneční záření. Pokud i přes tato opatření teplota překročí přijatelné meze, bylo by lepší přenést vaše ryby na chladnější místo.