To je jedno z témat, které začátečníky v akvaponii nejvíce překvapuje. Dobře osazené jezírko může na první pohled působit impozantně, téměř přeplněně. A přesto je snaha příliš snížit hustotu stejně problémová chyba jako snaha ji překročit.
V domácí akvaponii se doporučené rozpětí pohybuje mezi 20 a 30 kg ryb na metr krychlový vody. To je rozmezí, ve kterém systém běží vyváženě, bez přetížení biologické filtrace a aniž by ryby byly v tísni. U větších provozů lze vystoupat až na hustotu mezi 35 a 50 kg na metr krychlový s dobře dimenzovaným systémem a posileným provzdušňováním. Nad to je to technicky možné v některých případech, ale vyžaduje to pokročilou zkušenost a velmi pravidelný dohled.
Co mnoho lidí neví, je, že příliš málo osazené jezírko vytváří své vlastní problémy. Většina druhů používaných v akvaponii jsou společenská zvířata, zvyklá žít ve skupinách, někdy v hejnu. Pod určitou hranicí hustoty se usazuje tercíilní... teritoriální chování. Dominantní jedinci si značí prostor, pronásledují slabší a způsobují zranění. A zranění v jezírku je vstupní branou pro bakteriální infekce a plišňová onemocnění. Početnější skupina tyto jevy dominance přirozeně ředí : agresivita se rozptýlí, žádný jedinec nemůže soustředit svou teritorialitu na jednoho jiného a sociální hierarchie se ustavuje rozptýleněji a méně násilně.
Dobrá zpráva je, že samy ryby vám signalizují, když se hustota stane příliš vysokou. Signály jsou zpočátku nenápadné : lehká neobvyklá nežívost, ryby, které častěji vyplouvají k hladině, méně ochotná konzumace potravy, lehce poškozené ploutve. Jsou to slabé signály, ale přicházejí dávno předtím, než se situace stane kritickou. V akvaponii není cílem produkovat za každou cenu. Aby systém fungoval, je třeba produkovat v dobrých podmínkách.