A pozolana, proveniente de rochas vulcânicas, é outro substrato muito apreciado. Leve, porosa e barata, oferece uma excelente superfície de troca para as bactérias. O seu grande defeito é que tem tendência a colmatar-se muito facilmente e a sua limpeza não é nada fácil.
Por fim, a fibra de coco representa uma alternativa mais ecológica e orgânica. Fácil de manusear, retém bem a água e favorece o arranque das sementeiras. No entanto, degrada-se rapidamente e deve ser substituída regularmente, o que faz dela um complemento interessante mas raramente um substrato principal. Estes materiais devem ser escolhidos em função do orçamento, do espaço e das culturas previstas.
O musgo-esfagno é por vezes utilizado em aquaponia pela sua excelente capacidade de retenção de água, o que faz dele um suporte interessante para as sementeiras. Mas colmata-se facilmente, dificultando a circulação da água. Sendo a sua limpeza complicada, mantém-se pouco prático a longo prazo. Além disso, a sua importação de regiões longínquas levanta questões ecológicas, o que limita o seu interesse como substrato principal.