A truta-arco-íris é apreciada pela sua carne fina e pelo seu crescimento rápido. Necessita de uma água fresca (10 a 18 °C) bem oxigenada, o que a torna ideal para as instalações que dominam finamente a temperatura e o arejamento, mas complexa de manter no verão.
O luciopércio, peixe nobre também apreciado na gastronomia, suporta temperaturas mais variáveis e mantém-se relativamente tolerante. Menos frequente em aquaponia, representa uma bela oportunidade.
Por fim, a carpa comum, como a carpa koi, distingue-se pela sua robustez. Onívora, adapta-se facilmente aos sistemas aquapónicos. É perfeita para os sistemas simples, nomeadamente no exterior ou numa lógica de autonomia alimentar.
A escolha certa dependerá do seu clima local, dos seus objetivos e dos constrangimentos técnicos do seu sistema aquapónico.