O tilápia é a espécie emblemática da aquaponia tropical. Fácil de criar, pouco exigente em oxigénio e muito resistente às variações de qualidade da água, prospera entre 22 e 30 °C. O seu crescimento rápido e a sua reprodução facilitada fazem dele uma escolha estratégica para a produção em grande quantidade. É também um omnívoro, o que simplifica bastante a alimentação, uma vez que aceita granulados maioritariamente vegetais, menos dispendiosos do que as fórmulas carnívoras.
O peixe-gato africano, ou clarias, tolera condições difíceis, incluindo águas pobres em oxigénio, graças a um órgão respiratório acessório que lhe permite vir respirar à superfície. É carnívoro e cresce rapidamente, o que o torna uma espécie interessante para sistemas bem equilibrados. Exige, no entanto, um tanque solidamente tampado, pois foge com facilidade.
A perca do Nilo, mais volumosa, está adaptada a grandes tanques. Oferece uma carne muito apreciada, mas requer uma boa gestão da água e uma alimentação específica, o que a reserva na prática a instalações profissionais.
Uma nota de prudência, contudo. Nas nossas latitudes, estas espécies obrigam a aquecer a água durante boa parte do ano, com o consumo de energia correspondente, e enquadram-se numa regulamentação específica por se tratarem de espécies exóticas, a manter em circuito fechado sem qualquer rejeição para o meio natural. Justificam-se, portanto, sobretudo em interior, em volumes pequenos bem isolados, ou numa estufa aquecida. Para um projeto exterior, as espécies dos nossos rios continuam a ser muito mais simples de gerir e consideravelmente menos dispendiosas em utilização.