Aguarde até que os testes indiquem 0 mg/L de amoníaco e de nitritos, sinal de que o filtro biológico está a fazer o seu trabalho, e algumas dezenas de mg/L de nitratos (nutriente não tóxico, consumido pelas plantas). Poderá então introduzir progressivamente os seus peixes no tanque (de preferência numa altura amena da primavera ou do outono, fora de canícula ou de geada).
Introduza alguns peixes de cada vez, espaçando ao longo de vários dias, para não saturar o sistema de uma só vez. Do mesmo modo, plante progressivamente o seu tabuleiro de cultivo com plantas jovens fáceis (alfaces, manjericão, hortelã, etc.) para que comecem a absorver os nitratos.
Durante estas primeiras semanas, vigie diariamente a sua instalação: verifique se a bomba funciona de forma contínua, se a água se mantém límpida, e meça o pH e as toxinas de dois em dois a três dias. O pH a atingir situa-se entre 6,4 e 7,5, para convir aos peixes e às plantas, com um KH (dureza carbonatada) de 6 a 12 °dH para o estabilizar. Quando o ciclo do azoto estiver estabelecido, o seu sistema aquapónico está oficialmente «ciclado»!