Aguarde que os testes mostrem 0 mg/L de amoníaco e de nitritos, sinal de que o filtro biológico está a fazer o seu trabalho, e algumas dezenas de mg/L de nitratos (nutriente não tóxico, consumido pelas plantas). Poderá então integrar progressivamente os seus peixes no lago (de preferência num período ameno da primavera ou do outono, fora de onda de calor ou geada).
Introduza alguns peixes de cada vez, espaçando ao longo de vários dias, para não saturar o sistema de uma só vez. Da mesma forma, plante progressivamente o seu tanque de cultivo com plantas jovens fáceis (alfaces, manjericão, hortelã, etc.) para que comecem a absorver os nitratos.
Durante estas primeiras semanas, vigie todos os dias a sua instalação: verifique que a bomba funciona continuamente, que a água se mantém límpida, meça o pH e as toxinas a cada 2–3 dias. O pH ideal situa-se entre ~6,5 e 7,5 para convir aos peixes e às plantas. Uma vez estabelecido o ciclo do azoto, o seu sistema aquapónico está oficialmente «ciclado»!