Não é o plantio que sobrecarrega o biofiltro, mas a alimentação dos peixes. Uma vaga de repicagem aumenta a procura de nutrientes, e portanto a tentação de alimentar mais, sendo esse aumento que é necessário escalonar. A regra de condução é aumentar a ração por pequenos patamares e deixar passar uma semana completa de observação entre dois patamares, em vez de seguir o calendário da sementeira.
O controlo faz-se sobre três indicadores, não apenas um. A amónia e os nitritos devem permanecer indetetáveis; qualquer vestígio de nitritos indica que a população bacteriana ainda não absorve a carga que acabou de criar. O oxigénio dissolvido deve manter-se acima de 5 mg por litro, limiar referido nas fichas de aquaponia à pequena escala. O pH deve situar-se na janela em que as bactérias nitrificantes e as plantas melhor coexistem, na ordem de 6,8 a 7,2, sendo a gama de 6,5 a 7,5 ainda aceitável.
Se os nitritos aparecerem, a resposta nunca é adicionar plantas ou limpar o biofiltro. Reduza a ração, por vezes até a suspender um ou dois dias, aumente a arejamento e aguarde que a medição regresse a zero antes de retomar a progressão.