Latem wzrost temperatury wody może stać się problematyczny w akwaponice : powyżej pewnego progu, właściwego dla każdego gatunku, ryby cierpią i mogą nawet ginąć, jeśli upał się utrzymuje. Ponadto im cieą jest woda, tym mniej zawiera rozpuszczonego tlenu, co jeszcze bardziej pogarsza sytuację. Rezultat : ryby łapczywie szukają powietrza przy powierzchni, mniej się odżywiają i ich metabolizm jest zaburzony.
Już na etapie projektowania systemu akwaponicznego pomyśl o wyborze gatunków dostosowanych do lokalnego klimatu i wahania temperatur. W przeciwnym razie zaplanuj system ogrzewania lub chłodzenia wody.
Latem, o ile to możliwe, ustaw zbiornik rybny w cieniu (za pomocą plandeki lub siatki ocieniającej), aby ograniczyć bezpośrednie promieniowanie słoneczne. Jeśli mimo tych środków ostrożności temperatura przekracza dopuszczalne granice, najlepiej przenieść ryby w chłodniejsze miejsce.