W akwaponice rośliny mogą wykazywać oznaki słabości nawet wtedy, gdy system wydaje się zrównoważony. Blade liście, spowolniony wzrost lub deformacje są często związane z mało widocznymi, lecz decydującymi mikro-niedoborami.
Niedobory te dotyczą niezbędnych pierwiastków takich jak żelazo, mangan czy cynk, których przyswajanie silnie zależy od pH i chemii wody. Zrozumienie ich roli i umiejętność ich korygowania pozwala trwale poprawić zdrowie roślin bez zaburzania ekosystemu akwaponicznego.




