Dlaczego szkodniki pojawiają się w systemie akwaponicznym ?
Korzystają z nierowno wagi, często niewidocznej, która tworzy idealne warunki do ich osiedlenia. Akwaponika łączy ciepło, stałą wilgoć, bujne rośliny i brak naturalnych drapieżników. Wilgoć jest również jednym z największych czynników przywabienia. Strefa, gdzie powierzchnia podłoża pozostaje stale wilgotna, staje się idealnym siedliskiem dla muszek i ich larw. Z kolei część systemu narażona na suche ciepło sprzyja roztoczom. Mikroklimatyczne różnice wewnątrz, cieplejszy kąt szklarni, mniej wentylowana strefa, wystarczają, by wywołać koncentrację owadów.
Stres roślin odgrywa równie centralną rolę. Niedobory wapnia, nadmiar azotu, brak światła lub zastoje powietrza osłabiają tkanki roślinne. Zestresowana roślina zmienia swoją kompozycję chemiczną, wytwarzając sygnatory przyciągające niektóre owady. Wreszcie, akwaponika w szklarni lub w pomieszczeniach eliminuje prawie wszystkich naturalnych drapieżników (biedronki, bujanki, micro-osy pasożytnicze). W tym zamkniętym środowisku, najmniejsze przypadkowe wprowadzenie szkodnika, na butach, przez kupioną roślinę lub przez otwarty otwor wentylacyjny, może wystarczyć do stworzenia szybkiej inwazji.