Om sommeren kan vandets temperaturstigning blive problematisk i akvaponi: ud over en vis grænse, der er specifik for hver art, lider fiskene og kan endda dø, hvis varmen er vedvarende. Desuden gælder det, at jo varmere vandet er, jo mindre opløst ilt indeholder det, hvilket forværrer situationen yderligere. Resultat: fiskene gisper ved overfladen, spiser mindre, og deres stofskifte forstyrres.
Allerede ved udformningen af dit akvaponiske system bør du tænke på at vælge arter, der passer til det lokale klima og til temperatursvingningerne. Ellers sørg for et system til opvarmning eller køling af vandet.
Om sommeren placerer du om muligt dit fiskekar i skygge (ved hjælp af en presenning eller et solsejl) for at begrænse direkte solstråling. Hvis temperaturen trods disse forholdsregler overstiger de acceptable grænser, vil det være bedst at flytte dine fisk til et køligere sted.