I de fleste akvaponiske systemer ligger det mest velfungerende interval mellem 6,4 og 7,5. I dette område opretholdes en effektiv nitrifikation, samtidig med at næringsstofferne forbliver godt tilgængelige for planterne.
En pH-værdi omkring 7,0 fremhæves ofte som det bedste kompromis, fordi de nitrificerende bakterier bremses tydeligt ved ca. 6,0, mens jern bliver mindre tilgængeligt over 7,5. Den begrænser jernmangel, beskytter fiskene mod for høj ammoniaktoksicitet og gør det muligt for biofilteret at fungere ordentligt.
Det er vigtigt at forstå, at stabilitet vejer tungere end præcision. Et system, der holder sig stabilt på 6,4, giver ofte bedre resultater end et system, der svinger mellem 6,8 og 7,4. Levende organismer tåler godt en let uperfekt pH, men meget dårligt hyppige udsving.