Fordi næringsstofkilden er fiskefoder, ikke en formuleret gødning. Oversigten fra Eck, Körner og Jijakli påpeger, at ca. 30 % af det kvælstof, der tilføres med foderet, tilbageholdes af fiskene selv; kun resten cirkulerer, og for andre grundstoffer er den reelt tilgængelige andel endnu lavere.
Den talbaserede sammenligning er sigende. Et studie publiceret i Water i 2020 målte på sammenlignelige anlæg ca. 75 mg pr. liter kalium i akvaponik mod 333 i hydroponik, 18 mg calcium mod 146 og 1,6 mg magnesium mod 40. Kvælstoffet lå derimod i samme størrelsesorden.
Det er netop det, der begrunder de tilskud, der er beskrevet ovenfor: det er ikke nitraterne, der mangler, men kationerne. Et system, der tilsyneladende kører fint, kan derfor gå i stå på grund af mangel på kalium eller magnesium, selv når alle Deres kvælstofmålinger er perfekte.