Ve většině akvaponických systémů je nejfunkčnější rozmezí mezi 6,4 a 7,5. Toto pásmo umožňuje udržet účinnou nitrifikaci a zároveň zachovat dobrou dostupnost živin pro rostliny.
pH kolem 7,0 se často uvádí jako nejlepší kompromis, protože nitrifikační bakterie výrazně zpomalují kolem hodnoty 6,0, zatímco železo se nad 7,5 stává hůře dostupným. Takové pH omezuje nedostatek železa, chrání ryby před nadměrnou toxicitou amoniaku a umožňuje biofiltru správně fungovat.
Je důležité pochopit, že stabilita je důležitější než přesnost. Systém stabilní na hodnotě 6,4 často přinese lepší výsledky než systém kolísající mezi 6,8 a 7,4. Živé organismy dobře snášejí mírně nedokonalé pH, ale velmi špatně časté výkyvy.