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Um filtro de lago retém as partículas e aloja as bactérias que transformam o amoníaco dos peixes em nitratos. Dimensiona-se pelo volume do lago e pela sua população: um lago de carpas koi ou um sistema de aquaponia com muitos peixes exige um filtro previsto para um volume bem superior ao volume real. Os filtros pressurizados escondem-se na decoração e enviam a água para cima, para uma cascata; os filtros submersíveis colocam-se no fundo e passam despercebidos.
Um filtro equipado com clarificador UV-C elimina ainda as algas em suspensão que tornam a água verde. As esponjas e os materiais de substituição estão em Materiais filtrantes, e o artigo Água verde no lago completa a escolha.
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