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O ferro é a carência mais frequente em aquaponia: as folhas jovens amarelecem enquanto as nervuras se mantêm verdes. O ferro quelatado fornece um ferro protegido que continua assimilável pelas raízes. A forma escolhe-se de acordo com o pH da água: o EDTA mantém-se estável até um pH de cerca de 6,5, o DTPA até cerca de 7,5, e o EDDHA até 9, o que faz dele a forma indicada para águas calcárias.
O DTPA é a escolha mais comum em aquaponia, onde o pH se situa em geral entre 6,8 e 7,2. Todas estas formas se doseiam em pequenas quantidades, e o resultado vê-se nas folhas novas. Os artigos Carência de ferro em aquaponia e Carências das plantas em aquaponia explicam o diagnóstico em pormenor.
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