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Les bactéries nitrifiantes transforment l'ammoniaque rejetée par les poissons en nitrite, puis en nitrate, la forme que les plantes absorbent. Un filtre neuf en est dépourvu : il faut plusieurs semaines pour qu'elles s'installent, c'est le cyclage. Les bactéries de démarrage accélèrent cette étape, les bactéries d'entretien relancent un filtre après un traitement, un nettoyage ou l'hiver, et certaines souches dégradent la vase au fond du bassin.
Suivez l'ammonium et le nitrite pendant le cyclage avec des tests en gouttes. L'article Le cycle de l'azote en aquaponie explique chaque étape.