Pstrąg tęczowy ceniony jest za delikatne mięso i szybki przyrost masy. Wymaga chłodnej, dobrze natlenionej wody w zakresie 10–18 °C, co czyni go idealnym wyborem dla instalacji z precyzyjną kontrolą temperatury i napowietrzania – choć latem bywa trudny w utrzymaniu.
Głowacica potokowa, zwana też łososiem źródlanym, nie jest w rzeczywistości ani pstrągiem, ani łososiem, mimo że obie nazwy mogłyby na to wskazywać: to głowacica, bliski krewny w rodzinie łososiowatych. Jest nieco bardziej odporna i tolerancyjna na jakość wody niż pstrąg tęczowy. Najlepiej czuje się w temperaturze 13–16 °C, a powyżej 20 °C zaczyna wykazywać oznaki stresu. Rośnie nieco wolniej, ale jest bardziej wyrozumiała na błędy w prowadzeniu hodowli, co czyni ją dobrym kandydatem na pierwszy chów w zimnej wodzie.
Lipień pospolity jest najbardziej wymagający z całej trójki. Ta ryba bystrych rzek potrzebuje zimnej, bardzo dobrze natlenionej i płynącej wody. Przeznaczona jest wyłącznie dla bardzo dobrze wyposażonych instalacji i należy raczej do sfery zarybień niż domowej akwaponiki – jednak jest stałym elementem krajobrazu naszych rzek i warto ją znać.
Wreszcie karp pospolity, podobnie jak karp koi, wyróżnia się wyjątkową odpornością. Jako gatunek wszystkożerny łatwo adaptuje się do systemów akwaponicznych i dobrze znosi zarówno ciepłą, jak i chłodną wodę. Doskonale sprawdza się w prostych systemach, zwłaszcza na zewnątrz lub w podejściu ukierunkowanym na samowystarczalność żywnościową.
Właściwy wybór zależy od lokalnego klimatu, celów hodowlanych i ograniczeń technicznych systemu akwaponycznego. Praktyczna wskazówka: przed zamówieniem czegokolwiek warto zmierzyć temperaturę wody w najcieplejszym momencie sierpnia – to właśnie ta wartość, a nie średnia roczna, decyduje o tym, co będzie można hodować.