Kontrola jakości wody ma w akwaponice kluczowe znaczenie. Dla karpia koi bezpieczne progi są następujące:
- Amoniak (NH₃): 0 mg/L. Każdy skok to alarm, spowodowany przekarmieniem lub niestabilnym cyklem bakteryjnym.
- Azotyny (NO₂⁻): 0 mg/L. Są toksyczne nawet w niewielkich dawkach, a ich obecność wskazuje na zbyt mały biofiltr.
- Azotany (NO₃⁻): Powinny pozostawać na niskim poziomie. Wysokie stężenie świadczy o braku równowagi z zdolnością pochłaniania przez rośliny.
- pH: 6,4 do 7,5. Koi źle znosi gwałtowne zmiany. Należy uważać na deszcz, który zakwasza wodę w zbiornikach.
- Tlen rozpuszczony: co najmniej 5 mg/L. Niezbędne są stale pracująca pompa i napowietrzanie (dyfuzor).
- Temperatura: 18 do 24 °C dla optymalnego wzrostu. Koi przeżywa w zakresie od 0 do 35 °C, jeśli zmiany są stopniowe, ale poza optymalnym zakresem spada jej odporność, apetyt i nitryfikacja bakteryjna.