Tak, bez wyjątku – i jest to prawdopodobnie najopłacalniejszy środek ostrożności w całym chowie koi. Główne zagrożenia zdrowotne tego gatunku przenoszone są przez wprowadzenie pozornie zdrowej ryby: w pierwszej kolejności herpeswirus koi i wiosenna wiremia karpia, dwie choroby wirusowe uznawane przez Southern Regional Aquaculture Center za najbardziej niepokojące. Dochodzą do tego bardzo powszechne pasożyty, takie jak Lernaea, wszek rybi i przywry monogenetyczne.
W praktyce: przygotować oddzielny, przefiltrowany i napowietrzony zbiornik, w którym nowo przybyła ryba spędzi około czterech tygodni przed dołączeniem do zbiornika głównego. Utrzymywać ją w zakresie temperatury sprzyjającym ujawnianiu się objawów, a nie w zimnej wodzie, gdzie infekcja może pozostać bezobjawowa. Obserwować każdego dnia sposób pływania, oddychanie, stan płetw i apetyt, a nigdy nie używać tej samej podbieraka ani tego samego wiadra do obu zbiorników.
Jedna kwestia często pomijana w akwaponice: zbiornik kwarantannowy nie może być podłączony do obiegu zasilającego uprawy. Środek przeciwpasożytniczy, nawet o łagodnym działaniu, może zniszczyć florę biofiltru i uszkodzić korzenie roślin.