Uno dei principali vantaggi dell'acquaponica all'esterno è la diversità delle colture possibili. In un kit, si privilegiano spesso piante facili da coltivare e a ciclo rapido come le insalate, le erbe aromatiche o i pomodorini. Ma è anche possibile far crescere delle fragole, che si adattano particolarmente bene a questo tipo di sistema.
In una serra acquaponica, le possibilità si ampliano : si possono coltivare verdure più esigenti come le melanzane, i meloni, i cetrioli o ancora i pomodori di grande dimensione.
Dal lato dei pesci, la scelta dipende dal clima e dal volume disponibile. Carpe, trote, persici, lucioperce o anche pesci gatto possono essere allevati in acquaponica, offrendo un ampio ventaglio di opzioni.