La trota iridea è apprezzata per la sua carne pregiata e la sua crescita rapida. Richiede un'acqua fresca (10-18 °C) ben ossigenata, il che la rende ideale per le installazioni che controllano finemente la temperatura e l'aerazione, ma complessa da mantenere in estate.
Il lucioperca, pesce nobile apprezzato anche in gastronomia, sopporta temperature più variabili ed è relativamente tollerante. Meno frequente in acquaponica, rappresenta una bella opportunità.
Infine, la carpa comune, come la carpa koi, si distingue per la sua robustezza. Onnivora, si adatta facilmente ai sistemi acquaponici. È perfetta per i sistemi semplici, in particolare all'esterno o in un'ottica di autonomia alimentare.
La scelta giusta dipenderà dal vostro clima locale, dai vostri obiettivi e dai vincoli tecnici del vostro sistema acquaponico.