La trota arcobaleno è apprezzata per la sua carne pregiata e la crescita rapida. Richiede acqua fresca, nell'ordine di 10-18 °C, e ben ossigenata, il che la rende ideale per gli impianti che gestiscono con precisione la temperatura e l'aerazione, ma difficile da mantenere in estate.
Il salmerino di fonte, chiamato anche salmone di fonte, non è in realtà né una trota né un salmone, nonostante i due nomi: è un salmerino, un parente stretto all'interno della famiglia dei salmonidi. Si dimostra un po' più rustico e più tollerante sulla qualità dell'acqua rispetto alla trota arcobaleno. Dà generalmente il meglio tra 13 e 16 °C e inizia a soffrire oltre i 20 °C. La sua crescita è leggermente più lenta, ma perdona maggiormente gli errori di gestione, il che lo rende un buon candidato per un primo allevamento in acqua fredda.
Il temolo comune è il più esigente del gruppo. Questo pesce da fiume vivace richiede acqua fredda, molto ossigenata e in movimento. Rimane riservato agli impianti molto ben attrezzati e riguarda piuttosto il ripopolamento che l'acquaponica domestica, ma fa parte del paesaggio dei nostri fiumi e merita di essere conosciuto.
Infine, la carpa comune, come la carpa koi, si distingue per la sua robustezza. Onnivora, si adatta facilmente ai sistemi acquaponici e tollera sia le acque tiepide che quelle fredde. È perfetta per i sistemi semplici, in particolare all'aperto o in un'ottica di autosufficienza alimentare.
La scelta giusta dipenderà dal suo clima locale, dai suoi obiettivi e dai vincoli tecnici del suo sistema acquaponico. Un riferimento utile consiste nel misurare la temperatura dell'acqua nel momento più caldo del mese di agosto prima di ordinare qualsiasi cosa: è questo valore, e non la media annuale, a determinare ciò che potrà allevare.