In cima alla lista troviamo le verdure a radice e a bulbo (carote, patate, cipolle, barbabietole, ecc.). In un letto di coltivazione costantemente irrigato, le radici e i tuberi rischiano di deformarsi, marcire o restare stentati.
Altre piante a crescita lenta o con sistema radicale troppo voluminoso sono ugualmente da evitare. Per esempio, gli alberi da frutto o gli arbusti non sono praticabili in acquaponica domestica per via delle loro dimensioni e longevità.
Allo stesso modo, le piante che amano i suoli aridi o molto acidi (alcune piante di erica, cactus, ecc.) non prospereranno in un ambiente continuamente umido.