La trucha arcoíris es apreciada por su carne fina y su crecimiento rápido. Necesita un agua fresca (10 a 18 °C) bien oxigenada, lo que la hace ideal para las instalaciones que controlan con precisión la temperatura y la aireación, pero compleja de mantener en verano.
El lucioperca, pez noble igualmente apreciado en gastronomía, soporta temperaturas más variables y se mantiene relativamente tolerante. Menos frecuente en acuaponía, representa una buena oportunidad.
Por último, la carpa común, al igual que la carpa koi, destaca por su robustez. Omnívora, se adapta fácilmente a los sistemas acuapónicos. Es perfecta para los sistemas sencillos, especialmente en exterior o en una lógica de autonomía alimentaria.
La buena elección dependerá de su clima local, de sus objetivos y de las limitaciones técnicas de su sistema acuapónico.