El control de la calidad del agua es capital en acuaponía. Para la carpa koi, los umbrales de seguridad son:
- Amoniaco (NH₃): 0 mg/L. Cualquier pico es una alerta debida a una sobrealimentación o a un ciclo bacteriano inestable.
- Nitritos (NO₂⁻): 0 mg/L. Tóxicos incluso a dosis bajas, su presencia indica un biofiltro infradimensionado.
- Nitratos (NO₃⁻): Deben mantenerse bajos. Una concentración elevada revela un desequilibrio con la capacidad de absorción de las plantas.
- pH: 6,4 a 7,5. La koi no tolera los cambios bruscos. Cuidado con la lluvia, que acidifica el agua de los estanques.
- Oxígeno disuelto: al menos 5 mg/L. Una bomba y una aireación (difusor) continuas son indispensables.
- Temperatura: de 18 a 24 °C para un crecimiento óptimo. La koi sobrevive entre 0 y 35 °C si los cambios son graduales, pero fuera del rango óptimo disminuyen su inmunidad, su apetito y la nitrificación bacteriana.