La vigilancia de la calidad del agua es capital en acuaponía. Para la carpa koi, los umbrales de seguridad son :
- Amoníaco (NH₃) : 0 mg/L. Todo pico es una alerta debida a una sobrealimentación o a un ciclo bacteriano inestable.
- Nitritos (NO₂⁻) : 0 mg/L. Tóxicos incluso en dosis bajas, su presencia indica un biofiltro infradimensionado.
- Nitratos (NO₃⁻) : Deben mantenerse bajos. Una tasa elevada revela un desequilibrio con la capacidad de absorción de las plantas.
- pH : 6,5 a 7,5. La koi teme las variaciones bruscas. Cuidado con la lluvia, que acidifica el agua de los estanques.
- Oxígeno disuelto : mín. 6 mg/L. Una bomba y una aireación (difusor) en continuo son indispensables.
- Temperatura : 15 a 25°C. Fuera de este rango, el metabolismo y la nitrificación bacteriana se ven perturbados.