La fuerza del loto reside en su sistema radicular fuera de lo común. El rizoma y su red de raicillas colonizan la totalidad del sustrato y de la columna de agua, creando una amplia superficie de intercambio con el entorno acuático.
Esta densidad radicular absorbe masivamente los nitratos y fosfatos producidos por los desechos de los peces y la descomposición del alimento, dos etapas ineludibles del ciclo del nitrógeno en acuaponía. El loto capta también ciertos metales pesados documentados por los estudios de fitorremediación.
Comparado con una lechuga o una albahaca, el loto ofrece una biomasa radicular diez a veinte veces superior, lo que se traduce en una capacidad de depuración claramente mayor por planta. Una ventaja valiosa en los estanques muy poblados.
Cuidado, no obstante : esta potencia de absorción se concentra casi exclusivamente en el periodo de crecimiento activo, de abril a agosto. El resto del año, su papel filtrante disminuye notablemente.
Por otra parte, en un sistema acuapónico, una densidad demasiado alta de plantas acuáticas puede crear una competencia para sus frutas y verduras. Por tanto, es imprescindible encontrar el equilibrio adecuado entre lo decorativo y lo alimentario.