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En hydroponie comme en aquaponie, le substrat tient la plante, et c'est l'eau qui la nourrit. Les billes d'argile expansée sont le support de référence des lits aquaponiques : le sac de billes d'argile de 50 L au calibre 8 à 20 mm, le calibre courant d'un lit de culture, se met en place sur environ 30 cm de profondeur. Un lit de 1 m² demande donc 300 L, soit six sacs. Les billes se rincent jusqu'à ce que l'eau ressorte limpide, et leur pH se contrôle : celles de 6 L mesurent 8,5 dans l'eau, au-dessus d'une eau d'aquaponie.
La fibre de coco retient davantage d'eau, de 40 à 65 % selon le format compacté, avec un pH de 5,5 à 6,5 ; elle se nourrit avec un engrais formulé pour ce substrat. La perlite allège et aère un mélange, la vermiculite garde un semis humide en retenant 430 à 470 ml d'eau par litre. Pour démarrer les graines, les pods en tourbe gonflent en 3 à 5 minutes et se calent dans les paniers de 32 mm. Le guide Quel substrat choisir en aquaponie ? compare ces matériaux.