I et bassin producerer fiskene affaldsstoffer, der er naturligt rige på ammoniak. Disse affaldsstoffer omdannes derefter af bakterier til nitrat, en næringsstofform, som planterne kan optage direkte.
Planternes rødder, der er nedsænket i et substrat eller blot i vandet, absorberer disse næringsstoffer for at vokse. Idet de filtrerer vandet, renser de det, så det igen kan pumpes tilbage til fisketanken.
Denne naturlige kredsløb giver mulighed for at dyrke grøntsager, krydderurter eller endda frugt, samtidig med at man holder fisk. Det hele fungerer uden jord, uden tilsætning af kemisk gødning og med et meget lavt vandforbrug.
Tre aktører arbejder altså sammen, og ingen af dem kan fjernes uden at hele systemet bringes ud af balance. Fiskene leverer råmaterialet, bakterierne omsætter det, planterne forbruger det. Det er bakterierne, man oftest glemmer, selvom de udgør systemets egentlige drivkraft. De koloniserer naturligt overfladerne i filteret, substratet og væggene, og deres bestand tager typisk flere uger om at etablere sig.
I praksis cirkulerer vandet i en lukket sløjfe. En pumpe sender det fra bassinet til dyrkningszonen, det passerer gennem substratet eller rødderne og vender derefter tilbage til bassinet, oftest ved tyngdekraft. Afhængigt af opstillingen er cirkulationen kontinuerlig eller styret af cyklusser med oversvømmelse og afløb, så rødderne kan trække vejret. Supplerende lufttilførsel er næsten altid nyttigt, da opløst ilt gavner både fisk og bakterier.
Den gode nyhed er, at der er få parametre at holde øje med: temperaturen, pH samt indholdet af ammoniak, nitrit og nitrat. Et par regelmæssige tests er nok til at vurdere systemets tilstand, særligt i de første uger.