At beskytte afgrøderne uden kemiske midler bygger først og fremmest på barrierer: insektnet over følsomme afgrøder, sneglefælder samt fiberdug og skyggenet i drivhuset. I akvaponi må intet pesticid nå fiskenes vand, hvilket gør disse løsninger uundværlige.
Artiklen Nyttedyr mod skadedyr præsenterer også de nyttige insekter.