Overvågning af vandkvaliteten er afgørende i akvaponi. For koikarpen er sikkerhedsgrænserne :
- Ammoniak (NH₃) : 0 mg/L. Enhver spids er en advarsel som følge af overfodring eller en ustabil bakteriecyklus.
- Nitrit (NO₂⁻) : 0 mg/L. Giftigt selv i lave doser – dets tilstedeværelse indikerer et underdimensioneret biofilter.
- Nitrat (NO₃⁻) : Skal holdes lavt. En høj værdi afslører en ubalance med planternes optagelseskapacitet.
- pH : 6,5 til 7,5. Koien tåler ikke pludselige udsving. Pas på regn, der forsurer vandet i bassinerne.
- Opløst ilt : min. 6 mg/L. En pumpe og løbende iltning (diffuser) er uundværlig.
- Temperatur : 15 til 25 °C. Uden for dette interval forstyrres stofskiftet og den bakterielle nitrifikation.