Det er et af de emner, der overrasker begyndere i akvaponi mest. En velbefolket dam kan virke imponerende ved første øjekast, næsten for fyldt. Og alligevel er det lige så problematisk en fejl at ville reducere tætheden for meget, som at ville overskride den.
I akvaponi i hjemmet ligger det anbefalede interval mellem 20 og 30 kg fisk pr. kubikmeter vand. Det er det interval, hvor systemet kører i balance, uden overbelastning af den biologiske filtrering og uden at fiskene bliver klemt sammen. Til større anlæg kan man komme op på en tæthed mellem 35 og 50 kg pr. kubikmeter med et veldimensioneret system og forstærket iltning. Derover er det teknisk muligt i visse tilfælde, men det kræver avanceret kunnen og meget regelmæssig overvågning.
Det, mange ikke ved, er, at en for tyndt befolket dam skaber sine egne problemer. De fleste arter, der bruges i akvaponi, er sociale dyr, vant til at leve i flok, undertiden i stime. Under en vis tæthedstærskel sætter territorial adfærd ind. De dominerende individer afmærker deres område, jagter de svageste og forårsager skader. Og en skade i en dam er en indgang for bakterielle infektioner og svampesygdomme. En større flok udvander naturligt disse dominansfænomener : aggressiviteten spredes, intet individ kan koncentrere sin territorialitet om et enkelt andet, og det sociale hierarki etablerer sig mere diffust og mindre voldsomt.
Den gode nyhed er, at fiskene selv signalerer, når tætheden bliver for stor. Signalerne er diskrete i begyndelsen : en let usædvanlig uro, fisk der oftere kommer op til overfladen, et mindre ivrigt fodeforbrug, let beskadigede finner. Det er svage signaler, men de kommer i god tid, før situationen bliver kritisk. I akvaponi er målet ikke at producere for enhver pris. For at systemet skal fungere, skal man producere under gode forhold.