Akvaponi gør det muligt at dyrke en bred vifte af frugter, grøntsager, urter og krydderurter, men man skal ikke tro, at den universelt egner sig til alle plantearter. Visse planter viser sig at være særligt dårligt egnede til denne type miljø på grund af deres behov for et specifikt substrat, deres følsomhed over for fugt eller en vækst, der ikke passer til akvaponiske systemer.
Rod- og løggrøntsager
Øverst på listen finder man rod- og løggrøntsager som gulerødder, kartofler, løg, majroer, radiser eller endda rødbeder. I et dyrkningsbed, der konstant vandes, risikerer rødderne og knoldene at deformeres, rådne eller forblive kummerlige. Den konstante fugt er nemlig ikke gunstig for deres udvikling, da den forhindrer jordens naturlige iltning.
Frugttræer
Andre planter med langsom vækst eller med et ipåtrængende rodsystem bør også undgås. Frugttræer, buske eller store planter er ikke mulige i et privat akvaponisk system, da deres forankring kræver en dyb og stabil jord, der ofte er uforenelig med de lette substrater, der bruges, som ekspanderede lerkugler. Deres levetid og størrelse gør dem svære at håndtere i kar eller akvaponisk tårn.
Planter med specifikke jordbundsbehov
Visse arter har brug for forhold, som akvaponi ikke kan tilbyde dem. Det gælder planter, der foretrækker tørre eller sure jordbunde, som visse surbundsplanter (f.eks. : blåbær, rododendroner, azaleaer) eller endda kaktusser, som ikke vil trives i et konstant fugtigt miljø.