Samozřejmě mířit na potravinovou soběstačnost díky akvaponii vyžaduje určitou úroveň nasazení. Tento typ projektu se neimprovizuje : vyžaduje čas, dovednosti a zdroje.
Každédenně vyžaduje akvaponický systém pravidelné řízení : krmit ryby, sledovat kvalitu vody, udržovat čerpadla a sklízet rostliny. Po technické stránce je třeba ovládat pojmy z biologie, živočišné a rostlinné výživy a někdy dokonce kutilství pro zajištění údržby vybavení. Z logistického hlediska je třeba mít k dispozici dostatečný prostor, alespoň deset optimalizovaných metrů čtverečních, a přijmout počáteční investici, která může být někdy značná, zejména na nákup jezírek, čerpadel, substrátů a měřicího vybavení.
Ale tato omezení by neměla odrazovat. Mnoho lidí, nadšených a motivovaných, dokáže zavést účinné a produktivní systémy. Akvaponie vyžaduje postupné učení, ale zůstává dostupná pro každého, kdo je připraven se zapojit a přizpůsobit svůj způsob života.