Akvaponie umožňuje pěstovat širokou škálu ovoce, zeleniny, bylin a aromatických rostlin, ale nelze se domnívat, že je univerzálně vhodná pro všechny rostlinné druhy. Některé rostliny se ukáží jako obzvláště špatně přizpůsobené tomuto typu prostředí kvůli své potřebě specifického substrátu, své citlivosti na vlhkost či kvůli růstu nevhodnému pro akvaponické systémy.
Kořenová a cibulová zelenina
V čele seznamu se nachází kořenová a cibulová zelenina jako mrkev, brambory, cibule, tuřín, ředkvičky či řepa. V neustále zavlažovaném pěstebním loži hrozí, že se kořeny a hlízy zdeformují, shnijí nebo zůstanou zakrnělé. Stálá vlhkost totiž není příznivá jejich vývoji, protože brání přirozenému provzdušnění půdy.
Ovocné stromy
Další pomalu rostoucí rostliny nebo rostliny s invazivním kořenovým systémem je rovněž třeba se vyhnout. Ovocné stromy, keře nebo rostliny velké velikosti nejsou v domácím akvaponickém systému myšlitelné, protože jejich ukotvení vyžaduje hlubokou a stabilní půdu, často neslučitelnou s lehkými substráty, jako jsou kuličky expandovaného jílu. Jejich dlouhověkost a velikost je činí obtížně zvládnutelnými v nádrži či akvaponické věži.
Rostliny se specifickými nároky na půdu
Některé druhy potřebují podmínky, které jim akvaponie nemůže nabídnout. To je případ rostlin, které upřednostňují suché nebo kyselé půdy, jako jsou některé vřesovištní rostliny (např. : borůvky, rododendrony, azalky) či kaktusy, které v neustále vlhkém prostředí nebudou prosperovat.