Sledování kvality vody je v akvaponii zásadní. Pro koi kapra jsou bezpečnostní limity :
- Amoniak (NH₃) : 0 mg/l. Každý vrchol je výstrahou způsobenou překrmováním nebo nestabilním bakteriálním cyklem.
- Dusitany (NO₂⁻) : 0 mg/l. Toxické i v malé dávce, jejich přítomnost naznačuje poddimenzovaný biofiltr.
- Dusičnany (NO₃⁻) : Musí zůstat nízké. Vysoká hladina odhaluje nerovnováhu s absorpční kapacitou rostlin.
- pH : 6,5 až 7,5. Koi se obává prudkých výkyvů. Pozor na déšť, který okyseluje vodu jezírek.
- Rozpuštěný kyslík : min. 6 mg/l. Nepřetržité čerpadlo a provzdušňování (difuzér) jsou nezbytné.
- Teplota : 15 až 25 °C. Mimo toto rozmezí jsou metabolismus a bakteriální nitrifikace narušeny.