Pstruh duhový je ceněn pro své jemné maso a rychlý růst. Vyžaduje chladnou (10 až 18 °C) dobře okysličenou vodu, což ho činí ideálním pro zařízení precizně řídící teplotu a provzdušnění, ale je složité ho udržet v létě.
Candát, ušlechtilá ryba rovněž ceněná v gastronomii, snáší proměnlivější teploty a zůstává poměrně tolerantní. Méně častý v akvaponii představuje pěknou příležitost.
A konečně kapr obecný, stejně jako koi kapr, se vyznačuje svou robustností. Jako všežravec se snadno přizpůsobí akvaponickým systémům. Je dokonalý pro jednoduché systémy, zejména venku nebo v logice potravinové soběstačnosti.
Správná volba bude záviset na vašem místním podnebí, vašich cílech a technických omezeních vašeho akvaponického systému.