Duhový pstruh je ceněn pro jemné maso a rychlý růst. Potřebuje chladnou, dobře okysličenou vodu o teplotě přibližně 10 až 18 °C, což z něj dělá ideální volbu pro systémy s precizní regulací teploty a provzdušnění – v létě je však jeho chov náročnější.
Siven americký, zvaný také pramenný losos, není ve skutečnosti ani pstruh, ani losos, přestože obě jména to napovídají: jde o sivena, blízkého příbuzného v rámci čeledi lososovitých. Je o něco odolnější a méně náročný na kvalitu vody než duhový pstruh. Nejlépe mu vyhovuje teplota mezi 13 a 16 °C a při překročení 20 °C začíná trpět. Roste o něco pomaleji, ale lépe snáší chyby v chovu – je tedy dobrou volbou pro první chov v chladné vodě.
Lipan podhorní je z tohoto výběru nejnáročnější. Tento říční druh vyžaduje studenou, velmi dobře okysličenou a proudící vodu. Je vhodný pouze pro velmi dobře vybavené systémy a spíše než k akvaponice se hodí k zarybňování, přesto patří k charakteristickým druhům našich řek a stojí za to ho znát.
Kapr obecný se naproti tomu, stejně jako kapr koi, vyznačuje výjimečnou odolností. Jako všežravec se snadno přizpůsobuje akvaponickým systémům a dobře snáší jak teplou, tak chladnou vodu. Je ideální pro jednoduché systémy, zejména venkovní nebo zaměřené na potravinovou soběstačnost.
Správná volba závisí na místním klimatu, vašich cílech a technických možnostech vašeho akvaponického systému. Užitečným vodítkem je změřit teplotu vody v nejteplejší části srpna ještě před objednávkou: právě tato hodnota, nikoli roční průměr, rozhoduje o tom, které druhy budete moci chovat.